Примерно в полутора километрах от Атлантического побережья Испании расположена лагуна с пресной водой, первая из серии семи небольших озер, протянувшихся с запада на восток по территории с разнообразными природными условиями до самого Лас-Марисмаса.
Озера Испании придают еще большее своеобразие различным пейзажам Кото-Доньяна. Они как бы обозначают границу между вересковыми пустошами и поясом сосновых лесов, и, таким образом, лагуны оказываются окруженными двумя видами природных комплексов.
Цепочка озер, возможно, представляет собой остатки естественного русла, по которому часть воды из Гвадалквивира стекала через дельту к океану, до того как доступ к нему был прегражден песчаными дюнами.
Непосредственно к лагунам примыкают луга с низкотравной растительностью — отличные кормовые угодья для желтой трясогузки. У края воды луга окаймлены тростником, который в зависимости от уровня воды в озере то затопляется, то оказывается на суше.
В засушливые годы к августу или сентябрю некоторые лагуны почти полностью высыхают. Почти во всех лагунах растет рогоз и камыш. Здесь гнездятся многие виды птиц, а некоторые остаются в этих местах на зиму.
Водоплавающие птицы пресноводных лагун Испании представлены камышницей и редкой хохлатой лысухой, которые выводят птенцов только в южной Испания. В лагуне Санта-Олалья, самой крупной из этих пресноводных озер, гнездится в зарослях ситника рыжая цапля.
Нередко на воде можно видеть малых поганок и чомг. На водоемах собирается множество уток, отдельные виды которых редки в Европе. Например, здесь гнездится савка, белоглазый нырок, красноголовый и мраморный чирок.
Во время весенних и осенних миграций в лагунах можно увидеть много болотных птиц, крачек и луговых тиркушек. Однако количество пернатых здесь никогда не бывает таким большим, как в широко раскинувшемся Лас-Марисмасе, бескрайние водные пространства и луга которого привлекают пролетающих водоплавающих птиц.
Помимо множества водяных насекомых и всевозможных крошечных живых существ, в пресноводных лагунах Испании и вокруг них водятся различные представители позвоночных.
Когда солнце палит не так сильно, вдоль берегов усаживаются в ряд большие озерные лягушки, а по песку и лужайкам прыгают камышовые жабы. Весенними и летними ночами раздаются голоса квакш.
В лагунах Кото-Доньяна и в окрестностях Лас-Марисмаса живет иглистый тритон, достигающий солидных для тритонов Европы размеров — почти тридцати сантиметров в длину. Встречаются здесь два вида черепах: болотная и каспийская. Обычным обитателем лагун является уж, а среди рыб — угорь и карась.